Masuknya AFNEI yang memboncengi NICA ke Indonesia karena Jepang menetapkan status quo di Indonesia menyebabkan terjadinya konflik antara Indonesia dengan Belanda, seperti contohnya Peristiwa 10 November, selain itu pemerintah Inggris menjadi penanggung jawab untuk menyelesaikan konflik politik dan militer di Asia, oleh sebab itu, Sir Archibald Clark Kerr, diplomat Inggris, mengundang Indonesia dan Belanda untuk berunding di Hooge Veluwe, namun perundingan tersebut gagal karena Indonesia meminta Belanda mengakui kedaulatannya atas Jawa, Sumatera dan Madura, namun Belanda hanya mau mengakui Indonesia atas Jawa dan Madura saja
Pada akhir Agustus 1946, pemerintah Inggris mengirimkan Lord Killearn ke Indonesia untuk menyelesaikan perundingan antara Indonesia dengan Belanda. Pada tanggal 7 Oktober 1946 bertempat di Konsulat Jenderal Inggris di Jakarta dibuka perundingan Indonesia-Belanda dengan dipimpin oleh Lord Killearn. Perundingan ini menghasilkan persetujuan gencatan senjata (14 Oktober) dan meratakan jalan ke arah perundingan di Linggarjati yang dimulai tanggal 11 November 1946.
Linggarjati adalah kota kecil yang berda disekitar 21 km sebelah barat Cirebon. Perundingan Linggarjati dilaksanakan pada tanggal 10-15 November 1946. dalam perundingan Linggarjati delegasi Indonesia dipimpin perdana Menteri Sutan Syahrir, sedangkan delegasi Belanda diwakili oleh Prof. S. Schemerhorn dan Dr. H,J. Van. Mook. Penengah dan pemimpin perundingan dari pihak Inggris, yaitu Lord Killeam. Hasil perundingan diumumkan pada tanggal 15 November 1946 dan telah tersusun sebagai naskah persetujuan yang terdiri atas 17 pasal, antara lain berisi sebagai berikut:

1. Belanda mengakui secara de facto Republik Indonesia dengan wilayah kekuasaan yang meliputi Sumatra, Jawa dan Madura. Belanda harus meninggalkan wilayah de facto paling lambat 1 Januari 1949.
2. Republik Indonesia dan Belanda akan bekerja sama dalam membentuk Negara Indonesia Serikat, dengan nama Republik Indonesia Serikat, yang salah satu bagiannya adalah Republik Indonesia
3. Republik Indonesia Serikat dan Belanda akan membentuk Uni Indonesia - Belanda dengan Ratu Belanda sebagai ketuanya.

Hasil perundingan Linggarjati menimulkan berbagai pendapat pro dan kontra di kalngan partai politik di Indonesia. Perundingan Linggarjati merugikan pihak Reopublik Indonesia krena wilayahnya semakin sempit, yaitu hanya meliputi Jawa, Madura dan Sumatera. Hal ini menyebababkan terjadinya pergolakan di Bali Novmber 1946 dibawah pimpinan Letnan Kolonel Gusti Ngurah Rai, dengan perang puputan/ perang habis-habisan (puputan Margarana ) dan pertempuran Manado dipimpin Letkol Taulu yang dibantu oleh Residen Lapian melawan tentara KNIL (Belanda)